水利署表示，水力發電是利用水位高低落差所產生的能量轉換為電力，於發電過程中並未消耗或減損水量，發電後的水仍可於下游供應其他用水需求，不屬於耗水行為。
因此，對於水權登記用途為水力發電者，依《水利法》第84條之1規定，經濟部對水力發電用水並未徵收耗水費。且耗水費地徵收機關為中央主管機關經濟部，地方政府並非該法條的法定徵收機關，相關權責應予釐清。
針對北市翡翠水庫管理局有意向台電協商收費，水利署表示，若屬「發電補償費」或「發電費率」性質，應由雙方依協議機制辦理，不宜援引《水利法》第84條之1作為相關依據，以免造成社會大眾誤解。另外水利署稱，翡翠水庫目前蓄水率為91.6％，高於運用要點所訂上限水位，在此情況下配合發電，有助於整體能源調度。
然而今晚翡翠水庫管理局反擊，表示監察院2024年糾正案，已指出品質良好的翡翠水源若專為發電而放水，發電後即流向大海，仍有檢討空間。
對於台電宣稱「發電後的水仍可供下游其他用水需求」，翡翠水庫說明，水庫下游攔河堰本質上並非水庫，平時即維持高水位運作，並無足夠庫容可蓄存額外因發電所釋出的水量，因此大量放流的水多直接排入河川，最終流向大海，難以有效再利用。
至於所謂「地方政府無權徵收耗水費」，翡翠水庫澄清說法有所混淆，事實是翡翠水庫基於監察院查核意見，參考經濟部所訂的耗水補償費率，研擬建立合理補償機制，並7度函文請台電正視監察院查核意見收購費率偏低、也多次邀請台電進行議約，但台電仍拒絕議價。
翡翠水庫強調，水資源為珍貴民生資產。當前中南部多座水庫蓄水情勢吃緊，其中曾文水庫蓄水量偏低、有見底的風險，更凸顯台灣水資源保育與合理運用的重要性。翡翠水庫籲請中央及相關單位正視珍貴民生水資源的價值。
