針對內政部立場強硬，行政院態度則相對保守。行政院發言人李慧芝在面對媒體追問是否會通令各部會比照內政部辦理時，僅重申行政院必須在「合法合憲」前提下履行憲法義務，並表示對於劉世芳所提法規疑慮，行政院會再行「參酌」。
劉世芳指出，台灣雖是開放國家，統計資料與公共政策皆可於官網供一般國民查閱，但涉及政府施政的機密資訊，仍須受《國家機密保護法》、《政府資訊公開法》及《個人資料保護法》等規範。
劉世芳強調，內政部至今未收到李貞秀放棄國籍的證明影本，認為其並未完成合法的退籍程序。劉世芳更援引前南投縣議員史雪燕遭解職的案例，說明《國籍法》第20條規定非常明確，並非行政命令，因此主張李貞秀的解職程序應由立法院依相關規定辦理。
對此，陸委會副主委梁文傑也補充說明，外界常誤以為《兩岸條例》作為特別法可凌駕於《國籍法》，但實際上兩者規範事項不同。《兩岸條例》僅規定入籍10年後具備參選資格，但若要「就任」公職，則必須回歸《國籍法》處理。由於內政部已於1月底行文通知李貞秀、中選會及立法院等單位，明確告知須於就職前申請放棄原國籍，這場法律與國安爭議的後續發展，勢必將成為朝野攻防新戰場。
