大阪地鐵中央線13日晚間9點多，在萬博閉園之際突然故障停駛，大批要回家的遊客卡在萬博東口的夢洲站卻搭不到車，被迫回到萬博園區內等待。直到8個小時後，隔天清晨5點25分地鐵才恢復運行。
3萬多名遊客被迫在萬博園區內等待天亮，儘管有部分場館臨時對民眾開放，並發放瓶裝水以因應炎熱的天氣，還是有許多民眾只能在大屋根附近「席地而睡」，還造成36人因為中暑等問題身體不適，緊急送醫。
有些遊客正向看待，認為這是難得的體驗，還說可以在大屋根看日出相當特別。大屋根的設計師藤本壯介也在X發文說，「昨天的通宵萬博大家辛苦了」，感謝所有在艱難處境下努力不懈、享受其中的遊客以及各個場館的工作人員、保全人員，大讚這場萬博的美好是由大家共同創造的，「會場拍攝的日出照片非常感人」。
然而許多網友將他視為萬博的主辦方，認為藤本壯介的發言並不妥當，「通宵萬博的說法是那些回不了家的人在自嘲，主辦單位不該這樣說」「這是一場災難，許多人被緊急送醫，主辦方不該稱之為通宵萬博。」「有包含學齡前的36人被送醫院耶」。
同樣引發批評的還有大阪府知事吉村洋文，儘管他在第一時間積極發文說明應對方式，也向受影響的民眾道歉，但他也在社群轉發了「通宵萬博」的相關貼文，因此引起網友不滿。
